Der Peugeot 406 Phase II kam mit dem Facelift im April `1999` und behielt seine Stärken: Komfort, Platz, leisen Innenraum und sicheres Fahrverhalten. Die Motoren wechselten zu EW-Benzinern `1.8`, `2.0`, `2.2`, dem V6 `3.0` ES9J4S und vor allem HDi-Dieseln `2.0` sowie `2.2 HDi FAP`. Für einen haltbaren Peugeot 406 sind jährlicher Ölwechsel bei Stadtbetrieb, Bremsflüssigkeit alle `2 Jahre`, sauberes Kühlsystem und Zahnriemenservice zwischen `120 000` und `180 000 km` je nach Motor und Nachweis wichtig.
HDi bis `2002` verlangen Aufmerksamkeit für Kraftstoffqualität, Injektoren, Rail-Lecks und Vorförderpumpe; beim `2.2 HDi` kommen FAP, Additiv, EGR und Zweimassenschwungrad dazu. Der V6 `210 PS` bleibt angenehm, braucht aber Kontrolle von Zündspulen, Öllecks, Thermostat und Lüftern. Beim 406 Automatikgetriebe sind zögernde Schaltvorgänge ein Anlass für Diagnose und Ölservice. Vorderachse, Traggelenke, Silentlager, hintere Bremsen, Kabelbäume, BSI und Fensterheber sollten jährlich geprüft werden.