Die zweite Generation von 2004 baut auf der überarbeiteten Plattform PQ35 gemeinsam mit der Volkswagen Golf V auf und bringt einen deutlichen Fortschritt bei Struktursteifigkeit und passiver Sicherheit. Größer dimensioniert als ihre Vorgängerin, sticht die Octavia II mit einem XXL-Kofferraumvolumen von 560 Litern im Limousinenbereich hervor.
Das Motorenangebot ist reichhaltig: 1.4 TSI mit 122 PS, 1.8 TSI mit 160 PS, 2.0 TSI mit 200 PS (RS-Version) sowie bei den Dieseln der 1.9 TDI mit 105 PS und der 2.0 TDI mit 140 bzw. 170 PS. Der Octavia Scout von 2006 spricht mit seiner um 26 mm erhöhten Bodenfreiheit und dem Haldex-Allradantrieb Fahrer an, die hohe Variabilität abseits von klassischen SUVs suchen.
Das Facelift von 2009 überarbeitete die Frontpartie und wog die Ausstattung auf. Mechanisch bleibt der Zahnriemen der TDI-Motoren der primäre Kontrollpunkt. Die DSG-Automatikgetriebe der ersten Generation (6 Stufen) neigen bei Stadtfahrten gelegentlich zu Ruckeln - hierfür steht im Händlernetz ein Softwareupdate bereit.