Der von 2004 bis 2012 gebaute Boxster 987 greift das Architekturkonzept des 986 auf, präsentiert sich jedoch mit einem völlig neu gestalteten Design (Rundscheinwerfer als Anlehnung an klassische Porsche-Modelle), einem spürbar aufgewerteten Innenraum sowie leistungsstärkeren Motoren. Der Sechszylinder-Boxermotor (6-Zylinder) mit 2.7 Litern (240 PS) und der S 3.2 (280 PS) entwickelten sich mit dem Facelift 2008 hin zum 2.9-Liter (255 PS) sowie dem S 3.4 (310 PS) - wobei die anfälligen M96-Motoren durch die verbesserten M97-Triebwerke ersetzt wurden.
Der 987.1 (2004-2008) weist im Vergleich zum 986 ein deutlich reduziertes, aber weiterhin vorhandenes IMS-Risiko auf. Der 987.2 (2008-2012, Facelift) übernimmt die M97-Generationsstufen, die das IMS-Problem konstruktiv eliminieren. Das PDK-Doppelkupplungsgetriebe hält 2009 Einzug in die Baureihe 987.2 und bietet noch bessere Fahrleistungen als das manuelle Getriebe.